Quốc kỳ Liên hiệp Vương thất là một biểu tượng cho tư cách quốc gia thành viên trong Thịnh vượng chung các quốc gia, do vậy nó là một hiệu kỳ chính thức của Canada và được thượng trong những công việc nhất định.[32] Các quy định yêu cầu các cơ cấu liên bang phải thượng Quốc kỳ Liên hiệp Vương thất bên cạnh quốc kỳ khi có thể về mặt tự nhiên, sử dụng một cột cờ thứ nhì, trong những ngày sau đây: Ngày Thịnh vượng chung (ngày thứ hai thứ hai trong tháng 3), ngày Victoria (cùng ngày với sinh nhật chính thức của quân chủ Canada), và kỷ niệm Đạo luật Westminster (11 tháng 12). Quốc kỳ Liên hiệp Vương thất cũng có thể được treo tại Đài Kỷ niệm Chiến tranh quốc gia hay tại các địa điểm khác trong các lễ vinh danh sự tham gia của Canada cùng quân đội các quốc gia Thịng vượng chung khác trong chiến tranh. Quốc kỳ Canada luôn ở trước Quốc kỳ Liên hiệp Vương thất, và chiếm vị trí danh dự.[32] Quốc kỳ Liên hiệp Vương thất cũng là bộ phận trong tỉnh kỳ Ontario và tỉnh kỳ Manitoba, chiếm một góc trong các tỉnh kỳ này; một phiên bản cách điệu hóa được sử dụng trong tỉnh kỳ British Columbia và tỉnh kỳ Newfoundland và Labrador.[32] Một vài phó thống đốc cấp tỉnh trước đây sử dụng một quốc kỳ liên hiệp được sửa đổi làm hiệu kỳ cá nhân của họ, song hiện chỉ còn Phó Thống đốc Nova Scotia giữ lại thiết kế này.[32] Các nhóm cựu chiến binh và những người khác vẫn tiếp tục thượng Quốc kỳ Liên hiệp Vương thất và Hồng thuyền kỳ tại Canada, họ tiếp tục nhấn mạnh tầm quan trọng của di sản Anh Quốc của Canada và liên kết Thịnh vượng chung.[32] Hồng thuyền kỳ được thượng trong lễ kỷ niệm Trận cao điểm Vimy vào năm 2007, gây ra tranh luận.[33][34]

Quốc kỳ đối ngẫu Canada là một hiệu kỳ phi chính thức được phát triển độc lập, ban đầu lưu truyền nhờ những người đề xướng nó nhằm biểu thị tính thống nhất của Canada trong các cuộc tập hợp của phe chống trước trưng cầu dân ý Québec năm 1995.[35] Mặc dù màu trắng trong quốc kỳ Canada về mặt chính thức là bắt nguồn từ biểu tượng vương thất Pháp, song nó có thể bị hiểu sai vì màu đỏ và màu trắng cũng là những màu trong quốc kỳ Anh. Quốc kỳ đối ngẫu được thiết kế để thể hiện rõ ràng hơn đại diện của cả hai cộng đồng ngôn ngữ bằng cách thêm vào phần đỏ các sọc màu xanh với kích thước tương ứng với tỷ lệ người Canada chủ yếu nói tiếng Pháp. Màu xanh được lựa chọn vì nó là màu chính được sử dụng trong tỉnh kỳ Québec.[36][37]

Tại Québec, tỉnh kỳ thường được xem như một quốc kỳ bên cạnh hiệu kỳ Lá phong, giống như hiệu kỳ Acadia trong các khu vực của các tỉnh Hàng hải (New Brunswick, Nova Scotia, và Prince Edward Island),[38][39].